Şehrin kahramanlara ihtiyacı vardır. Karanlık, New York'u esir almıştır. Shredder ve onun yancıları, demir bir pençe gibi tüm polis teşkilatı ve politikacıları emri altına almış. Şehir tamamen ümitsiz bir durumdadır ta ki pek de normal olmayan dört kardeş kanalizasyondan çıkıp şehrin yeni kahramanları olan Ninja Kaplumbağalar olana kadar. Grup, amansız muhabir April O'Neal ve onun deli kameramanı Vern Fenwick ile birlik olup Shredder'in şeytanca planlarına koymaya karşı savaş vermek zorundadırlar.